-Dans un groupe d'espèces, une espèce A est plus étroitement apparentée à une espèce B qu'à toutes les autres si elle possède avec l'espèce B un ancêtre commun exclusif (que les deux espèces A et B ne partagent pas avec les autres espèces)

-Les ancêtres communs se trouvent toujours aux noeuds de l'arbre et sont hypothétiques.

-Un état d'un caractère qui résulte d'une innovation est dit dérivé. les relations de parenté sont établies en prenant uniquement en compte les états dérivés de caractères homologues.

- Un ancêtre commun est défini par l'ensemble des caractères dérivés des espèces qui en dérivent (= espèces qui lui sont postérieures) : il possède également les caractères ancestraux des groupes dans lesquels il est inclus (groupes antérieurs).

- La notion de caractère dérivé est RELATIVE : elles est définie par rapport au groupe d'espèces dont on recherche les liens de parenté.
Exemple: au sein des vertébrés, la possession d'un placenta est un caractère dérivé mais, au sein des Primates, c'est un caractère ancestral (car les TOUS les primates ont un placenta). Il ne peut donc servir pour établir des relations de parenté au sein des Primates.

- Un ancêtre commun n'est jamais représenté par une espèce fossile : il est toujours hypothétique.